Contao 3に向けた開発が進んでいますが、フロントエンドではMooToolsの代わりにjQueryも使用可能となったようです。

従来はjQueryを使用するためには、衝突するJavaScriptのクラス名などを手作業で修正するといったことが必要でしたが、それだけjQueryの人気が高いということでしょう。